Ticket #8032: WISH_cycle_13_2_SF_9to9.py

File WISH_cycle_13_2_SF_9to9.py, 29.8 KB (added by Roman Tolchenov, 7 years ago)
Line 
1# Set of routines to normalise WISH data
2from mantidsimple import *
3import matplotlib.pyplot as p
4import numpy as n
5wish_dir=""
6
7# Get the valid wavelength range, i.e. excluding regions where choppers cut     
8def WISH_getlambdarange():
9        return 0.7,10.35
10
11def WISH_setuser(usern):
12        global username
13        username=usern
14
15def WISH_setdatadir(directory="/archive/ndxwish/Instrument/data/cycle_09_5/"):
16        global wish_datadir
17        wish_datadir=directory
18
19def WISH_setuserdir(directory):
20        global wish_userdir
21        wish_userdir=directory
22
23def WISH_datadir():
24        return wish_datadir
25
26def WISH_userdir(cycle='cycle_10_1'):
27        return wish_userdir
28
29def WISH_calibration(cycle="11_4"):
30        #return "/home/mp43/Calibration/Cycle_"+cycle+"/"
31        return "/home/hqs74821/work/mantid_stuff/DockWidget/"
32
33def WISH_startup(usern,cycle='10_1'):
34        global userdatadir
35        global userdataprocessed
36        global mtdplt
37        import sys
38        sys.path.append('/home/hqs74821/work/mantid_stuff/DockWidget/')
39        import Mantid_plotting as mtdplt
40        userdatadir="/archive/ndxwish/Instrument/data/cycle_"+cycle+'/'
41        WISH_setdatadir(userdatadir)
42        print "Raw Data in :   ", userdatadir   
43        userdataprocessed="/home/hqs74821/work/mantid_stuff/DockWidget/ProcessedData/"
44        WISH_setuserdir(directory=userdataprocessed)
45        print "Processed Data in :   ",userdataprocessed
46        return
47
48
49#Returns the calibration filename
50def WISH_cal(panel):
51        return WISH_calibration()+"WISH_cycle_10_3_noends_9to9.cal"
52       
53# Returns the grouping filename
54def WISH_group():
55        return WISH_calibration()+"WISH_cycle_10_3_noends_9to9.cal"
56       
57def WISH_getvana(panel,SE="candlestick",cycle="09_4"): 
58        if (SE=="candlestick"):
59                if (cycle=="09_2"):
60                        return WISH_calibration()+"vana318-"+str(panel)+"foc-rmbins-smooth50.nx5"
61                if (cycle=="09_3"):
62                        return WISH_calibration(cycle)+"vana935-"+str(panel)+"foc-SS.nx5"
63                if (cycle=="09_4"):
64                        return WISH_calibration(cycle)+"vana3123-"+str(panel)+"foc-SS.nx5"
65                if (cycle=="09_5"):
66                        return WISH_calibration(cycle)+"vana3123-"+str(panel)+"foc-SS.nx5"
67                if (cycle=="11_4"):
68                        return WISH_calibration(cycle)+"vana19612-"+str(panel)+"foc-SF-SS.nxs" 
69        if (SE=="WISHcryo"):
70                if (cycle=="09_2"):
71                        return WISH_calibration()+"vana318-"+str(panel)+"foc-rmbins-smooth50.nx5"
72                if (cycle=="09_3"):
73                        return WISH_calibration(cycle)+"vana935-"+str(panel)+"foc-SS.nx5"
74                if (cycle=="09_4"):
75                        return WISH_calibration(cycle)+"vana3123-"+str(panel)+"foc-SS.nx5"
76                if (cycle=="11_1"):
77                        return WISH_calibration(cycle)+"vana17718-"+str(panel)+"foc-SS.nxs"
78                if (cycle=="11_2"):
79                        return WISH_calibration(cycle)+"vana16812-"+str(panel)+"foc-SS.nx5"
80                if (cycle=="11_3"):
81                        return WISH_calibration(cycle)+"vana18590-"+str(panel)+"foc-SS-new.nxs"                 
82                       
83
84def split_string(t):
85  indxp=0
86  for i in range(0,len(t)):
87        if (t[i]=="+"):
88                indxp=i
89  if (indxp!=0):
90        return int(t[0:indxp]),int(t[indxp+1:len(t)])
91
92def WISH_getemptyinstrument(panel,cycle="09_4"):
93        if (cycle=="09_4"):
94                return WISH_calibration(cycle)+"emptyinst3120-"+str(panel)+"foc.nx5"
95
96def WISH_getempty(panel,SE="WISHcryo",cycle="09_4"):
97        if (SE=="WISHcryo"):
98                if (cycle=="09_2"):
99                        return WISH_calibration(cycle)+"emptycryo322-"+str(panel)+"-smooth50.nx5"
100                if (cycle=="09_3"):
101                        return WISH_calibration(cycle)+"emptycryo1725-"+str(panel)+"foc.nx5"
102                if (cycle=="09_4"):
103                        return WISH_calibration(cycle)+"emptycryo3307-"+str(panel)+"foc.nx5"
104                if (cycle=="09_5"):
105                        return WISH_calibration(cycle)+"emptycryo16759-"+str(panel)+"foc.nx5"
106                if (cycle=="11_1"):
107                        return WISH_calibration(cycle)+"emptycryo17712-"+str(panel)+"foc-SS.nxs"
108                if (cycle=="11_2"):
109                        return WISH_calibration(cycle)+"emptycryo16759-"+str(panel)+"foc-SS.nx5"
110                if (cycle=="11_3"):
111                        return WISH_calibration(cycle)+"emptycryo17712-"+str(panel)+"foc-SS-new.nxs"   
112                if (cycle=="11_4"):
113                        return WISH_calibration(cycle)+"empty_mag20620-"+str(panel)+"foc-HR-SF.nxs"                     
114        if (SE=="candlestick"):
115                if (cycle=="09_4"):
116                        return WISH_calibration(cycle)+"emptyinst3120-"+str(panel)+"foc.nxs"
117                if (cycle=="09_3"):
118                        return WISH_calibration(cycle)+"emptyinst1726-"+str(panel)+"foc-monitor.nxs"
119                if (cycle=="11_4"):
120                        return WISH_calibration(cycle)+"emptyinst19618-"+str(panel)+"foc-SF-S.nxs"
121
122def WISH_getfilename(run_number,ext):
123        if (ext[0]!='s'):
124                data_dir=WISH_datadir()
125        else:
126                #data_dir="/datad/ndxwish/"
127                data_dir=WISH_datadir()
128        digit=len(str(run_number))
129        filename=data_dir+"WISH"
130        for i in range(0,8-digit):
131                filename=filename+"0"
132        filename+=str(run_number)+"."+ext
133        return filename
134
135def WISH_returnpanel(panel):
136        if (panel==1):
137                min=6   
138                max=19461
139        elif (panel==2):
140                min=19462
141                max=38917
142        elif( panel==3):
143                min=38918
144                max=58373
145        elif (panel==4):
146                min=58374
147                max=77829
148        elif (panel==5):
149                min=77830
150                max=97285
151        elif (panel==6):
152                min=97286
153                max=116741
154        elif (panel==7):
155                min=116742
156                max=136197
157        elif (panel==8):
158                min=136198
159                max=155653     
160        elif (panel==9):
161                min=155654
162                max=175109             
163        elif (panel==0):
164                min=6
165                max=175109
166        return min,max
167
168# Reads a wish data file return a workspace with a short name
169def WISH_read(number,panel,ext):
170        if type(number) is int:
171                filename=WISH_getfilename(number,ext)
172                if (ext[0:9]=="nxs_event"):
173                        filename=WISH_getfilename(number,"nxs")
174                print "will be reading filename..."+filename
175                min,max=WISH_returnpanel(panel)
176                if (panel!=0):
177                        output="w"+str(number)+"-"+str(panel)
178                else:
179                        output="w"+str(number)
180                if (ext=="raw"):
181                        LoadRaw(Filename=filename,OutputWorkspace=output,SpectrumMin=str(min),SpectrumMax=str(max),LoadLogFiles="0")
182                        MaskBins(output,output,XMin=99900,XMax=106000)
183                        print "standard raw file loaded"
184                if (ext[0]=="s"):
185                        LoadRaw(Filename=filename,OutputWorkspace=output,SpectrumMin=str(min),SpectrumMax=str(max),LoadLogFiles="0")
186                        MaskBins(output,output,XMin=99900,XMax=106000)
187                        print "sav file loaded"
188                if (ext=="nxs_event"):
189                        LoadEventNexus(Filename=filename,OutputWorkspace=output,LoadMonitors='1')
190                        RenameWorkspace(output+"_monitors","w"+str(number)+"_monitors")
191                        Rebin(InputWorkspace=output,OutputWorkspace=output,Params='6000,-0.00063,110000')
192                        ConvertToMatrixWorkspace(output,output)
193                        min,max=WISH_returnpanel(panel)
194                        CropWorkspace(InputWorkspace=output,OutputWorkspace=output,StartWorkspaceIndex=min-6,EndWorkspaceIndex=max-6)
195                        MaskBins(output,output,XMin=99900,XMax=106000)
196                        print "full nexus eventfile loaded"
197                if (ext[0:10]=="nxs_event_"):
198                        label,tmin,tmax=split_string_event(ext)
199                        output=output+"_"+label
200                        if (tmax=="end"): 
201                            LoadEventNexus(Filename=filename,OutputWorkspace=output,FilterByTimeStart=tmin,LoadMonitors='1',MonitorsAsEvents='1',FilterMonByTimeStart=tmin)     
202                        else:
203                            LoadEventNexus(Filename=filename,OutputWorkspace=output,FilterByTimeStart=tmin,FilterByTimeStop=tmax,LoadMonitors='1',MonitorsAsEvents='1',FilterMonByTimeStart=tmin,FilterMonByTimeStop=tmax)
204                        RenameWorkspace(output+"_monitors","w"+str(number)+"_monitors")
205                        print "renaming monitors done!"
206                        Rebin(InputWorkspace=output,OutputWorkspace=output,Params='6000,-0.00063,110000')
207                        ConvertToMatrixWorkspace(output,output)
208                        min,max=WISH_returnpanel(panel)
209                        CropWorkspace(InputWorkspace=output,OutputWorkspace=output,StartWorkspaceIndex=min-6,EndWorkspaceIndex=max-6)
210                        MaskBins(output,output,XMin=99900,XMax=106000)
211                        print "nexus event file chopped"
212                if (ext=="nxs"):
213                        LoadNexus(Filename=filename,OutputWorkspace=output)
214                        print "standard histo nxs file loaded"
215        else:
216                n1,n2=split_string(number)
217                output="w"+str(n1)+"_"+str(n2)+"-"+str(panel)
218                filename=WISH_getfilename(n1,ext)
219                print "reading filename..."+filename
220                min,max=WISH_returnpanel(panel)
221                output1="w"+str(n1)+"-"+str(panel)
222                LoadRaw(Filename=filename,OutputWorkspace=output1,SpectrumMin=str(min),SpectrumMax=str(max),LoadLogFiles="0")
223                filename=WISH_getfilename(n2,ext)
224                print "reading filename..."+filename
225                min,max=WISH_returnpanel(panel)
226                output2="w"+str(n2)+"-"+str(panel)
227                LoadRaw(Filename=filename,OutputWorkspace=output2,SpectrumMin=str(min),SpectrumMax=str(max),LoadLogFiles="0")
228                MergeRuns(output1+","+output2,output)
229                mantid.deleteWorkspace(output1)
230                mantid.deleteWorkspace(output2)
231        ConvertUnits(output,output,"Wavelength")
232        lmin,lmax=WISH_getlambdarange()
233        CropWorkspace(output,output,XMin=lmin,XMax=lmax)
234        monitor=WISH_process_incidentmon(number,ext,spline_terms=70,debug=False)
235        print "first norm to be done"
236        NormaliseToMonitor(InputWorkspace=output,OutputWorkspace=output+"norm1",MonitorWorkspace=monitor)
237        print "second norm to be done"
238        NormaliseToMonitor(InputWorkspace=output+"norm1",OutputWorkspace=output+"norm2",MonitorWorkspace=monitor,IntegrationRangeMin=0.7,IntegrationRangeMax=10.35)
239        DeleteWorkspace(output)
240        DeleteWorkspace(output+"norm1")
241        RenameWorkspace(output+"norm2",output)
242        ConvertUnits(output,output,"TOF")
243        ReplaceSpecialValues(output,output,NaNValue=0.0,NaNError=0.0,InfinityValue=0.0,InfinityError=0.0)
244        return output
245
246#Focus dataset for a given panel and return the workspace
247def WISH_focus_onepanel(work,focus,panel):
248        AlignDetectors(work,work,WISH_cal(panel))
249        DiffractionFocussing(work,focus,WISH_group()) 
250        if (panel==5):
251                CropWorkspace(focus,focus,XMin=0.3)
252        mantid.deleteWorkspace(work)
253        return focus
254
255def WISH_split(focus):
256        for i in range(0,10):
257                out=focus[0:len(focus)-3]+"-"+str(i+1)+"foc"
258                ExtractSingleSpectrum(focus,out,i)
259        mantid.deleteWorkspace(focus)
260        return
261
262def WISH_focus(work,panel):
263        focus=work+"foc"
264        if (panel!=0):
265                WISH_focus_onepanel(work,focus,panel)
266        else:
267                WISH_focus_onepanel(work,focus,panel)
268                WISH_split(focus)
269
270def WISH_process(number,panel,ext,SEsample="WISHcryo",emptySEcycle="09_4",SEvana="candlestick",cyclevana="09_4",absorb=False,nd=0.0,Xs=0.0,Xa=0.0,h=0.0,r=0.0):
271        w=WISH_read(number,panel,ext)
272        print "file read and normalized"
273        if (absorb):
274                ConvertUnits(w,w,"Wavelength")
275                CylinderAbsorption(InputWorkspace=w,OutputWorkspace="T",
276                CylinderSampleHeight=h,CylinderSampleRadius=r,AttenuationXSection=Xa,
277                ScatteringXSection=Xs,SampleNumberDensity=nd,
278                NumberOfSlices="10",NumberOfAnnuli="10",NumberOfWavelengthPoints="25",ExpMethod="Normal")
279                Divide(w,"T",w)
280                mantid.deleteWorkspace("T")
281                ConvertUnits(w,w,"TOF")
282        wfoc=WISH_focus(w,panel)
283        print "focussing done!"
284        if type(number) is int:
285                wfocname="w"+str(number)+"-"+str(panel)+"foc"
286                if (len(ext)>9): 
287                        label,tmin,tmax=split_string_event(ext)
288                        wfocname="w"+str(number)+"-"+str(panel)+"_"+label+"foc"
289        else:
290                n1,n2=split_string(number)
291                wfocname="w"+str(n1)+"_"+str(n2)+"-"+str(panel)+"foc"
292        if (panel==1):
293                CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.80,XMax=53.3)
294        elif(panel==2):
295                CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.50,XMax=13.1)
296        elif(panel==3):
297                CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.50,XMax=7.77)
298        elif(panel==4):
299                CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.40,XMax=5.86)
300        elif(panel==5):
301                CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.35,XMax=4.99)
302        elif(panel==6):
303                CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.35,XMax=4.99)   
304        elif(panel==7):
305                CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.40,XMax=5.86)   
306        elif(panel==8):
307                CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.50,XMax=7.77)   
308        elif(panel==9):
309                CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.50,XMax=13.1)           
310       
311        if (panel==0):
312                for i in range(1,10):
313                        wfocname="w"+str(number)+"-"+str(i)+"foc"
314                        CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.80,XMax=53.3)
315                        CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.50,XMax=13.1)
316                        CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.50,XMax=7.77)
317                        CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.40,XMax=5.86)
318                        CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.35,XMax=4.99)
319                        CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.35,XMax=4.99)
320                        CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.40,XMax=5.86)
321                        CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.50,XMax=7.77)
322                        CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.50,XMax=13.1)                   
323        #print "will try to load an empty with the name:"
324        print WISH_getempty(panel,SEsample,emptySEcycle)
325        if (panel==0):
326                for i in range(1,10):
327                        wfocname="w"+str(number)+"-"+str(i)+"foc"
328                        LoadNexusProcessed(Filename=WISH_getempty(i,SEsample,emptySEcycle),OutputWorkspace="empty")
329                        RebinToWorkspace("empty",wfocname,"empty")
330                        Minus(wfocname,"empty",wfocname)
331                        mantid.deleteWorkspace("empty")
332                        print "will try to load a vanadium with the name:"+WISH_getvana(i,SEvana,cyclevana)
333                        LoadNexusProcessed(Filename=WISH_getvana(i,SEvana,cyclevana),OutputWorkspace="vana")   
334                        RebinToWorkspace("vana",wfocname,"vana")
335                        Divide(wfocname,"vana",wfocname)
336                        mantid.deleteWorkspace("vana")
337                        ConvertUnits(wfocname,wfocname,"TOF")
338                        ReplaceSpecialValues(wfocname,wfocname,NaNValue=0.0,NaNError=0.0,InfinityValue=0.0,InfinityError=0.0)
339                        SaveGSS(InputWorkspace=wfocname,Filename=WISH_userdir()+str(number)+"-"+str(i)+ext+".gss",Append=False,Bank=1)
340                        SaveFocusedXYE(wfocname,WISH_userdir()+str(number)+"-"+str(i)+ext+".dat")
341                        SaveNexusProcessed(wfocname,WISH_userdir()+str(number)+"-"+str(i)+ext+".nxs") 
342        else:   
343                LoadNexusProcessed(Filename=WISH_getempty(panel,SEsample,emptySEcycle),OutputWorkspace="empty")
344                RebinToWorkspace("empty",wfocname,"empty")
345                Minus(wfocname,"empty",wfocname)
346                mantid.deleteWorkspace("empty")
347                print "will try to load a vanadium with the name:"+WISH_getvana(panel,SEvana,cyclevana)
348                LoadNexusProcessed(Filename=WISH_getvana(panel,SEvana,cyclevana),OutputWorkspace="vana")       
349                RebinToWorkspace("vana",wfocname,"vana")
350                Divide(wfocname,"vana",wfocname)
351                mantid.deleteWorkspace("vana")
352                ConvertUnits(wfocname,wfocname,"TOF")
353                ReplaceSpecialValues(wfocname,wfocname,NaNValue=0.0,NaNError=0.0,InfinityValue=0.0,InfinityError=0.0)
354                SaveGSS(InputWorkspace=wfocname,Filename=WISH_userdir()+str(number)+"-"+str(panel)+ext+".gss",Append=False,Bank=1)
355                SaveFocusedXYE(wfocname,WISH_userdir()+str(number)+"-"+str(panel)+ext+".dat")
356                SaveNexusProcessed(wfocname,WISH_userdir()+str(number)+"-"+str(panel)+ext+".nxs") 
357        return wfocname
358#Create a corrected vanadium (normalise,corrected for attenuation and empty, strip peaks) and
359# save a a nexus processed file.
360# It looks like smoothing of 100 works quite well
361def WISH_createvan(van,empty,panel,smoothing,vh,vr,cycle_van="09_3",cycle_empty="09_3"):
362        WISH_setdatadir("/archive/ndxwish/Instrument/data/cycle_"+cycle_van+"/")
363        wvan=WISH_read(van,panel,"nxs_event")
364        WISH_setdatadir("/archive/ndxwish/Instrument/data/cycle_"+cycle_empty+"/")
365        wempty=WISH_read(empty,panel,"nxs_event")
366        Minus(wvan,wempty,wvan)
367        print "read van and empty"
368        mantid.deleteWorkspace(wempty)
369        ConvertUnits(wvan,wvan,"Wavelength")
370        CylinderAbsorption(InputWorkspace=wvan,OutputWorkspace="T",
371        CylinderSampleHeight=str(vh),CylinderSampleRadius=str(vr),AttenuationXSection="4.8756",
372        ScatteringXSection="5.16",SampleNumberDensity="0.07118",
373        NumberOfSlices="10",NumberOfAnnuli="10",NumberOfWavelengthPoints="25",ExpMethod="Normal")
374        Divide(wvan,"T",wvan)
375        mantid.deleteWorkspace("T")
376        ConvertUnits(wvan,wvan,"TOF")
377        vanfoc=WISH_focus(wvan,panel)
378        mantid.deleteWorkspace(wvan)
379        #StripPeaks(vanfoc,vanfoc)
380        #SmoothData(vanfoc,vanfoc,str(smoothing))
381        return
382       
383def WISH_createempty(empty,panel):
384        wempty=WISH_read(empty,panel,"raw")
385        emptyfoc=WISH_focus(wempty,panel)
386        return emptyfoc
387
388def WISH_monitors(rb,ext):
389        data_dir=WISH_dir()
390        file=WISH_getfilename(rb,ext)
391        wout="w"+str(rb)
392        print "reading File..."+file
393        LoadRaw(Filename=file,OutputWorkspace=wout,SpectrumMin=str(1),SpectrumMax=str(5),LoadLogFiles="0")
394        NormaliseByCurrent(wout,wout)
395        ConvertToDistribution(wout)
396        return wout
397
398def WISH_PH_TOF(runnumber,tubemin):
399        min=6+(tubenumber-1)*128
400        max=min+128
401        file=WISH_getfilename(runnumber,tubemin)
402        output="Run"+str(runnumber)+"tube"+str(tubenumber)
403        w=WISH_read(number,panel,ext)
404        print "file read and normalized"
405        if (absorb):
406                ConvertUnits(w,w,"Wavelength")
407                CylinderAbsorption(InputWorkspace=w,OutputWorkspace="T",
408                CylinderSampleHeight=h,CylinderSampleRadius=r,AttenuationXSection=Xa,
409                ScatteringXSection=Xs,SampleNumberDensity=nd,
410                NumberOfSlices="10",NumberOfAnnuli="10",NumberOfWavelengthPoints="25",ExpMethod="Normal")
411                Divide(w,"T",w)
412                mantid.deleteWorkspace("T")
413                ConvertUnits(w,w,"TOF")
414        wfoc=WISH_focus(w,panel)
415        print "focussing done!"
416        if type(number) is int:
417                wfocname="w"+str(number)+"-"+str(panel)+"foc"
418                if (len(ext)>9): 
419                        label,tmin,tmax=split_string_event(ext)
420                        wfocname="w"+str(number)+"-"+str(panel)+"_"+label+"foc"
421        else:
422                n1,n2=split_string(number)
423                wfocname="w"+str(n1)+"_"+str(n2)+"-"+str(panel)+"foc"
424        if (panel==1):
425                CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.80,XMax=53.3)
426        elif(panel==2):
427                CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.50,XMax=13.1)
428        elif(panel==3):
429                CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.50,XMax=7.77)
430        elif(panel==4):
431                CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.40,XMax=5.86)
432        elif(panel==5):
433                CropWorkspace(wfocname,wfocname,XMin=0.35,XMax=4.99)
434        #print "will try to load an empty with the name:"
435        print WISH_getempty(panel,SEsample,emptySEcycle)
436        if (panel==0):
437                for i in range(1,6):
438                        LoadNexusProcessed(Filename=WISH_getempty(i,SEsample,emptySEcycle),OutputWorkspace="empty")
439                        RebinToWorkspace("empty",wfocname,"empty")
440                        Minus(wfocname,"empty",wfocname)
441                        mantid.deleteWorkspace("empty")
442                        print "will try to load a vanadium with the name:"+WISH_getvana(i,SEvana,cyclevana)
443                        LoadNexusProcessed(Filename=WISH_getvana(i,SEvana,cyclevana),OutputWorkspace="vana")   
444                        RebinToWorkspace("vana",wfocname,"vana")
445                        Divide(wfocname,"vana",wfocname)
446                        mantid.deleteWorkspace("vana")
447                        ConvertUnits(wfocname,wfocname,"TOF")
448#                       SaveGSS(InputWorkspace=wfocname,Filename=WISH_userdir()+str(number)+"-"+str(i)+ext+".gss",Append=False,Bank=1)
449#                       SaveFocusedXYE(wfocname,WISH_userdir()+str(number)+"-"+str(i)+ext+".dat")
450        else:   
451                LoadNexusProcessed(Filename=WISH_getempty(panel,SEsample,emptySEcycle),OutputWorkspace="empty")
452                RebinToWorkspace("empty",wfocname,"empty")
453                Minus(wfocname,"empty",wfocname)
454                mantid.deleteWorkspace("empty")
455                print "will try to load a vanadium with the name:"+WISH_getvana(panel,SEvana,cyclevana)
456                LoadNexusProcessed(Filename=WISH_getvana(panel,SEvana,cyclevana),OutputWorkspace="vana")       
457                RebinToWorkspace("vana",wfocname,"vana")
458                Divide(wfocname,"vana",wfocname)
459                mantid.deleteWorkspace("vana")
460                ConvertUnits(wfocname,wfocname,"TOF")
461#               SaveGSS(InputWorkspace=wfocname,Filename=WISH_userdir()+str(number)+"-"+str(panel)+ext+".gss",Append=False,Bank=1)
462#               SaveFocusedXYE(wfocname,WISH_userdir()+str(number)+"-"+str(panel)+ext+".dat")
463        return wfocname
464        LoadRaw(Filename=file,OutputWorkspace=output,spectrummin=str(min),spectrummax=str(max),LoadLogFiles="0")
465        Integration(output,output+"int")
466        g=plotTimeBin(output+"int",0)
467       
468# Smoothing the incident beam monitor using a spline function.  Regions around Bragg edges are masked, before fitting with a  spline function.
469# Returns a smooth monitor spectrum
470
471
472def WISH_process_incidentmon(number,ext,spline_terms=20,debug=False):
473   if type(number) is int:
474        fname=WISH_getfilename(number,ext)
475        works="monitor"+str(number)
476        if (ext=="raw"):
477                works="monitor"+str(number)
478                LoadRaw(Filename=fname,OutputWorkspace=works,SpectrumMin=4,SpectrumMax=4,LoadLogFiles="0")
479        if (ext[0]=="s"):
480                works="monitor"+str(number)
481                LoadRaw(Filename=fname,OutputWorkspace=works,SpectrumMin=4,SpectrumMax=4,LoadLogFiles="0")
482        if (ext=="nxs"):               
483                works="monitor"+str(number)
484                LoadNexus(Filename=fname,OutputWorkspace=works,SpectrumMin=4,SpectrumMax=4)
485        if (ext[0:9]=="nxs_event"):
486                temp="w"+str(number)+"_monitors"
487                works="w"+str(number)+"_monitor4"
488                Rebin(temp,temp,Params='6000,-0.00063,110000',PreserveEvents=False)
489                ExtractSingleSpectrum(temp,works,3)
490   else:
491        n1,n2=split_string(number)
492        works="monitor"+str(n1)+"_"+str(n2)
493        fname=WISH_getfilename(n1,ext)
494        works1="monitor"+str(n1)
495        LoadRaw(Filename=fname,OutputWorkspace=works1,SpectrumMin=4,SpectrumMax=4,LoadLogFiles="0")
496        fname=WISH_getfilename(n2,ext)
497        works2="monitor"+str(n2)
498        LoadRaw(Filename=fname,OutputWorkspace=works2,SpectrumMin=4,SpectrumMax=4,LoadLogFiles="0")
499        MergeRuns(works1+","+works2,works)
500        mantid.deleteWorkspace(works1)
501        mantid.deleteWorkspace(works2)
502   ConvertUnits(works,works,"Wavelength")
503   lmin,lmax=WISH_getlambdarange()
504   CropWorkspace(works,works,XMin=lmin,XMax=lmax)
505   ex_regions=n.zeros((2,4))
506   ex_regions[:,0]=[4.57,4.76]
507   ex_regions[:,1]=[3.87,4.12]
508   ex_regions[:,2]=[2.75,2.91]
509   ex_regions[:,3]=[2.24,2.50]
510   ConvertToDistribution(works)
511   if (debug):
512                x,y,z=mtdplt.getnarray(works,0)
513                p.plot(x,y)
514   for reg in range(0,4):
515                        MaskBins(works,works,XMin=ex_regions[0,reg],XMax=ex_regions[1,reg])
516   if (debug):
517                x,y,z=mtdplt.getnarray(works,LoadRaw0)
518                p.plot(x,y)
519   SplineBackground(works,works,0,spline_terms)
520   if (debug):
521                x,y,z=mtdplt.getnarray(works,0)
522                p.plot(x,y)
523   p.show()
524   SmoothData(works,works,40)
525   ConvertFromDistribution(works)
526   return works
527   
528#removes the peaks in a vanadium  run, then performs a spline and a smooth
529def Removepeaks_spline_smooth_empty(works,panel,debug=False):
530        if (panel==1):
531                splineterms=0
532                smoothterms=30
533        if (panel==2):
534                splineterms=0
535                smoothterms=10
536        if (panel==3):
537                splineterms=0
538                smoothterms=15
539        if (panel==4):
540                splineterms=0
541                smoothterms=15
542        if (panel==5):
543                splineterms=0
544                smoothterms=10
545        if (debug):
546                x,y,z=getnarray(works,0)
547                p.plot(x,y)
548        if (splineterms!=0):
549                SplineBackground(works,works,0,splineterms)
550        if (debug):
551                x,y,z=getnarray(works,0)
552                p.plot(x,y)
553        SmoothData(works,works,smoothterms)
554        if (debug):
555                x,y,z=getnarray(works,0)
556                p.plot(x,y)
557        p.show()
558        return works
559
560def split_string_event(t):
561#this assumes the form nxs_event_label_tmin_tmax
562  indx_=[]
563  for i in range(10,len(t)):
564        if (t[i]=="_"):
565                indx_.append(i)
566  label=t[10:indx_[0]]
567  tmin=t[indx_[0]+1:indx_[1]]
568  tmax=t[indx_[1]+1:len(t)]
569  return label,tmin,tmax
570
571#test="nxs_event_1_300.00_600.00"
572#print split_string_event(test)
573
574# #####################################################################
575# #####                         USER SPECIFIC PART STARTS BELOW                                                                            ##
576# #####                         IN CASE LINES ABOVE HAVE BEEN EDITED AND SCRIPTS NO LONGER WORK   ##
577# #####                         LOG OUT AND BACK IN TO THE MACHINE                                                                 ##
578# #####################################################################
579# ########### SETTING the paths automatically : WISH_startup(username,cycle_name) ##############
580WISH_startup("mp43","13_3")
581# #        WISH PROCESS ROUTINES TO EDIT   (penultimate line optional but useful for recovering data later on)  #
582# To add two raw files together, replace runno (integer, eg. 16800) by a string "int1+int2" (eg "16800+16801" note quotes)
583# ##############################################################################################
584#beg=0
585#end=1800
586#nbslices=int(end/180)
587#suffix=[]
588#for k in range(0,nbslices):
589#       suffix.append("nxs_event_slice"+str(k)+"_"+str(int(k*180))+"_"+str((k+1)*180))
590
591#print len(suffix)
592#print suffix[0], suffix[k]
593
594#for i in range(24901,24902):
595#       for j in range(2,3):
596#               for k in range(0,len(suffix)):
597#                       wout=WISH_process(i,j,suffix[k],"candlestick","11_4","candlestick","11_4",absorb=False,nd=0.0,Xs=0.0,Xa=0.0,h=0.0,r=0.0)
598#                       ConvertUnits(wout,wout+"-d","dSpacing")
599# ##############################################################################################
600#for i in range(24895,24896):
601#       for j in range(5,6):
602#               wout=WISH_process(i,j,"nxs_event_slice1_0_300","candlestick","11_4","candlestick","11_4",absorb=False,nd=0.0,Xs=0.0,Xa=0.0,h=0.0,r=0.0)
603#               ConvertUnits(wout,wout+"-d","dSpacing")
604#               wout=WISH_process(i,j,"nxs_event_slice2_300_600","candlestick","11_4","candlestick","11_4",absorb=False,nd=0.0,Xs=0.0,Xa=0.0,h=0.0,r=0.0)
605#               ConvertUnits(wout,wout+"-d","dSpacing")
606#               wout=WISH_process(i,j,"nxs_event_slice3_600_900","candlestick","11_4","candlestick","11_4",absorb=False,nd=0.0,Xs=0.0,Xa=0.0,h=0.0,r=0.0)
607#               ConvertUnits(wout,wout+"-d","dSpacing")
608#               wout=WISH_process(i,j,"nxs_event_slice4_900_1200","WISHcryo","11_3","WISHcryo","11_3",absorb=False,nd=0.0,Xs=0.0,Xa=0.0,h=0.0,r=0.0)
609#               ConvertUnits(wout,wout+"-d","dSpacing")
610#               wout=WISH_process(i,j,"nxs_event_slice5_1200_1500","WISHcryo","11_3","WISHcryo","11_3",absorb=False,nd=0.0,Xs=0.0,Xa=0.0,h=0.0,r=0.0)
611#               ConvertUnits(wout,wout+"-d","dSpacing")
612#               wout=WISH_process(i,j,"nxs_event_slice6_1500_1800","WISHcryo","11_3","WISHcryo","11_3",absorb=False,nd=0.0,Xs=0.0,Xa=0.0,h=0.0,r=0.0)
613#               ConvertUnits(wout,wout+"-d","dSpacing")
614#               wout=WISH_process(i,j,"nxs_event_slice7_1800_2100","WISHcryo","11_3","WISHcryo","11_3",absorb=False,nd=0.0,Xs=0.0,Xa=0.0,h=0.0,r=0.0)
615#               ConvertUnits(wout,wout+"-d","dSpacing")
616#               wout=WISH_process(i,j,"nxs_event_slice8_2100_2400","WISHcryo","11_3","WISHcryo","11_3",absorb=False,nd=0.0,Xs=0.0,Xa=0.0,h=0.0,r=0.0)
617#               ConvertUnits(wout,wout+"-d","dSpacing")
618#               wout=WISH_process(i,j,"nxs_event_slice9_2400_2700","WISHcryo","11_3","WISHcryo","11_3",absorb=False,nd=0.0,Xs=0.0,Xa=0.0,h=0.0,r=0.0)
619#               ConvertUnits(wout,wout+"-d","dSpacing")
620#               wout=WISH_process(i,j,"nxs_event_slice10_2700_3000","WISHcryo","11_3","WISHcryo","11_3",absorb=False,nd=0.0,Xs=0.0,Xa=0.0,h=0.0,r=0.0)
621#               ConvertUnits(wout,wout+"-d","dSpacing")
622#               wout=WISH_process(i,j,"nxs_event_slice11_3000_3300","WISHcryo","11_3","WISHcryo","11_3",absorb=False,nd=0.0,Xs=0.0,Xa=0.0,h=0.0,r=0.0)
623#               ConvertUnits(wout,wout+"-d","dSpacing")
624#               wout=WISH_process(i,j,"nxs_event_slice12_3300_end","WISHcryo","11_3","WISHcryo","11_3",absorb=False,nd=0.0,Xs=0.0,Xa=0.0,h=0.0,r=0.0)
625
626for i in range(25449,25450):
627        for j in range(1,10):
628                wout=WISH_process(i,j,"raw","candlestick","11_4","candlestick","11_4",absorb=False,nd=0.0,Xs=0.0,Xa=0.0,h=0.0,r=0.0)
629                ConvertUnits(wout,wout+"-d","dSpacing")
630#       SaveGSS("w"+str(i)+"-1foc",WISH_userdir()+str(i)+"-1foc"+".gss",Append=False,Bank=1)
631#       SaveFocusedXYE("w"+str(i)+"-1foc",WISH_userdir()+str(i)+"-1foc"+".dat")
632#       SaveGSS("w"+str(i)+"-2foc",WISH_userdir()+str(i)+"-2foc"+".gss",Append=False,Bank=1)
633#       SaveFocusedXYE("w"+str(i)+"-2foc",WISH_userdir()+str(i)+"-2foc"+".dat")
634        RebinToWorkspace("w"+str(i)+"-6foc","w"+str(i)+"-5foc","w"+str(i)+"-6foc")     
635        Plus("w"+str(i)+"-5foc","w"+str(i)+"-6foc","w"+str(i)+"-5_6foc")
636        ConvertUnits("w"+str(i)+"-5_6foc","w"+str(i)+"-5_6foc"+"-d","dSpacing")
637        SaveGSS("w"+str(i)+"-5_6foc",WISH_userdir()+str(i)+"-5_6foc"+".gss",Append=False,Bank=1)
638        SaveFocusedXYE("w"+str(i)+"-5_6foc",WISH_userdir()+str(i)+"-5_6foc"+".dat")
639        SaveNexusProcessed("w"+str(i)+"-5_6foc",WISH_userdir()+str(i)+"-5_6foc"+".nxs")
640        RebinToWorkspace("w"+str(i)+"-7foc","w"+str(i)+"-4foc","w"+str(i)+"-7foc")
641        Plus("w"+str(i)+"-4foc","w"+str(i)+"-7foc","w"+str(i)+"-4_7foc")
642        ConvertUnits("w"+str(i)+"-4_7foc","w"+str(i)+"-4_7foc"+"-d","dSpacing")
643        SaveGSS("w"+str(i)+"-4_7foc",WISH_userdir()+str(i)+"-4_7foc"+".gss",Append=False,Bank=1)
644        SaveFocusedXYE("w"+str(i)+"-4_7foc",WISH_userdir()+str(i)+"-4_7foc"+".dat")
645        SaveNexusProcessed("w"+str(i)+"-4_7foc",WISH_userdir()+str(i)+"-4_7foc"+".nxs")
646        RebinToWorkspace("w"+str(i)+"-8foc","w"+str(i)+"-3foc","w"+str(i)+"-8foc")
647        Plus("w"+str(i)+"-3foc","w"+str(i)+"-8foc","w"+str(i)+"-3_8foc")
648        ConvertUnits("w"+str(i)+"-3_8foc","w"+str(i)+"-3_8foc"+"-d","dSpacing")
649        SaveGSS("w"+str(i)+"-3_8foc",WISH_userdir()+str(i)+"-3_8foc"+".gss",Append=False,Bank=1)
650        SaveFocusedXYE("w"+str(i)+"-3_8foc",WISH_userdir()+str(i)+"-3_8foc"+".dat")     
651        SaveNexusProcessed("w"+str(i)+"-3_8foc",WISH_userdir()+str(i)+"-3_8foc"+".nxs")
652        RebinToWorkspace("w"+str(i)+"-9foc","w"+str(i)+"-2foc","w"+str(i)+"-9foc")
653        Plus("w"+str(i)+"-2foc","w"+str(i)+"-9foc","w"+str(i)+"-2_9foc")
654        ConvertUnits("w"+str(i)+"-2_9foc","w"+str(i)+"-2_9foc"+"-d","dSpacing")
655        SaveGSS("w"+str(i)+"-2_9foc",WISH_userdir()+str(i)+"-2_9foc"+".gss",Append=False,Bank=1)
656        SaveFocusedXYE("w"+str(i)+"-2_9foc",WISH_userdir()+str(i)+"-2_9foc"+".dat")     
657        SaveNexusProcessed("w"+str(i)+"-2_9foc",WISH_userdir()+str(i)+"-2_9foc"+".nxs") 
658# #############################################################################################
659#for i in range(23840,23841):
660#       for j in range(5,0,-1):
661#               wout=WISH_process(i,j,"raw","candlestick","11_4","candlestick","11_4",absorb=False,nd=0.0,Xs=0.0,Xa=0.0,h=0.0,r=0.0)
662#               SaveNexusProcessed(wout,WISH_userdir()+wout+".nxs")
663#               ConvertUnits(wout,wout+"-d","dSpacing")
664
665
666# ###########################################################################################
667#for i in range(18880,18881):
668#       for j in range(1,6):
669#               wout=WISH_process(i,j,"raw","WISHcryo","11_3","WISHcryo","11_3",absorb=True,nd=0.0035,Xs=62.27,Xa=429.95,h=4.0,r=0.15)
670# ###########################################################################################
671# #########               END OF WISH PROCESS ROUTINES                               ##################
672
673# #####################################################################
674# How to retrieve already processed Data without having to reprocess it  (in case Mantid session has been closed #
675#for runno in range(24122,24130):
676# for j in range(1,6):
677#       wr=str(runno)+"-"+str(j)+"raw-0"
678#       LoadNexusProcessed(WISH_userdir()+wr+".nxs",wr)
679#       ConvertUnits(wr,wr+"-d","dSpacing")
680
681  #####################################################################
682#for runno in range(22678,22686):
683  #for j in range(1,6):
684        #wr="w"+str(runno)+"-"+str(j)+"foc"
685
686#for j in range(1,6):
687#       Plus("w22663"+"-"+str(j)+"foc","w22664"+"-"+str(j)+"foc","vancan"+"-"+str(j)+"foc")
688#       SaveGSS(InputWorkspace="vancan"+"-"+str(j)+"foc",Filename=WISH_userdir()+"vancan"+"-"+str(j)+"foc.gss",Append=False,Bank=1)
689       
690       
691
692
693# ####################################################################
694# If you don't have a correct empty, either use the most suitable one or use the lines below ####
695#for i in range(1197,1410):
696#       for j in range(1,6):
697#               wout=WISH_read(i,j,"raw")
698#               wfoc=WISH_focus(wout,j)
699# ####################################################################
700# use the lines below to manually set the paths if needed
701#WISH_setdatadir("/archive/ndxwish/Instrument/data/cycle_10_1/")
702#WISH_setuserdir("/home/mp43/ProcessedData/")WISHcryo
703# ######### use the lines below to process a LoadRawvanadium run                               ##################
704#for j in range(1,2):
705#       WISH_createvan(19612,19618,j,100,4.0,0.15,cycle_van="11_4",cycle_empty="11_4")
706#       CropWorkspace(InputWorkspace="w19612-"+str(j)+"foc",OutputWorkspace="w19612-"+str(j)+"foc",XMin='0.35',XMax='5.0')
707#       Removepeaks_spline_smooth_vana("w18904-"+str(j)+"foc",j,debug=False)
708#       SaveNexusProcessed("w16847-"+str(i)+"foc",WISH_userdir()+"vana16847-"+str(i)+"foc.nx5")
709# ########  use the lines below to create a processed empty (instrument, cryostat, can..) run     ########
710#for i in range(4,5):
711#       WISH_createempty(20620,i)
712 #SaveNexusProcessed("w16748-"+str(i)+"foc",WISH_userdir()+"emptyinst16748-"+str(i)+"foc.nx5")
713 
714